通过亮发光杆菌日益的新一代测序技术,我们对这些差别甚大的微生物有了更多的认识,比如说,对细菌核糖体小亚基 16S rRNA 编码基因进行高通量测序,科学家们能了解样品中的微生物多样性。此外还可以选择鸟*宏基因组学作为互补技术,分析样品中所有生物的所有基因。这些DNA测序技术十分敏感,也能识别样品污染和危害样品处理引发的细微变化。
由于处理和存储样品的变化会影响研究结果,因此要想维持在现场收集样品的完整性也是微生物研究中的一项重大挑战。即使是微生物菌群zui小的变化或者相对丰度改变,也会极大的干扰群体比对,因此储存方法引起的变化越小越好。以下是The Scientist杂志推荐的一些样品保存技巧。
如果只是计划分析核酸组成,那么选择更多。就这种类型的研究而言,在储存样品前可以将其加入到一种裂解缓冲液中。虽然很少有研究比对不同的低温冻存保护剂在维持原始样品多样性方面的作用,但是目前的证明表明,低温冻存保护剂会在不同程度上影响不同微生物物种的构成。
关键在于选择一种可靠,并且适合你的研究的方法,同时也要注意到其潜在的误差。 总的说来,研究人员已经发现加入一种低温冻存保护有助于人体样品的保存。Ganz指出,在比较储存样品和新鲜样品中的微生物组成之前,可以采用一种快速的方法,来评估保护剂的作用,那就是检测一下样品DNA的量,如果DNA量不足,那么你采用的方法也许并不适用于这种微生物的保存。
Heylen采用了一种混合溶剂:二甲基亚砜(DMSO)与海藻糖,胰酶大豆肉汤(Tryptic Soy Broth, TSB),这能用于保持三种不同微生物组系统冷冻样品的保真性。海藻糖能防止细胞干燥,TSB也是一种低温冻存保存剂,专家建议在将这一溶液加入到样品中之前,先放置到4°C中,然后再与样品混合,保存到超低温冰箱里去。如果无法放到−80°C冰箱,那么也可以用家用冰箱,但是样品要尽可能早的冻存,而且需要加入低温冻存保护剂。
RNAlaterzui初是作为一种RNA保存剂,现在可以用于保存DNA。RNAlater是特殊的样品储存液,只要在采样后立即将新鲜样品浸入这种液体试剂,RNlater可以迅速渗透到组织或其他生物样本中,稳定并保护RNA完整而不被降解,确保下游分析得到的数据真实反应样品的表达信息。样品储存液中保存的新鲜样品可以在不超过37度的高温天气下保存一天,或者在25度室温下保存一周;或者4度冰箱存放一个月;或者负20度长期保存而使RNA保持完整免受降解。这种技术为在不同温度和不同地点下的采样、运输和保存样品提供了极大的方便,同样适合手术/解剖过程中部分样品的保存。
人类微生物组计划(Human Microbiome Project)的参与研究人员,来自哈佛大学的计算生物学家Curtis Huttenhower与他的同事们发现在样品收集后,如果没有冰箱,那么可以加入这种保护剂使用。不过一些用户也报告了RNAlater的缺陷,虽然RNAlater不可燃,因此可以用于样品运输,但是这种保护剂会降低Bacteroidetes 和 Ruminococcaceae 两种细菌新鲜提取后的菌群数量。另外就是如果想获得样品高RNA产量,那么就必须先将其去除。RNAlater会妨碍样品正常形成颗粒沉淀,因此在去除RNAlater之后,还必须磷酸盐缓冲液进行清洗。
此外,Woods Hole海洋研究所海洋生物化学家Mak Saito也指出,RNAlater还有一个问题,那就是其高盐含量,因此在一些实验中会令样品清洗成为问题。Saito曾采用这种溶液保存海洋微生物组中的蛋白组成。在室温下,也能在超过8周的时间里稳定地保存粪便样品中的微生物菌落结构。但是乙醇是可燃的,因此不能用于样品运输,还有更重要的是,亮发光杆菌添加乙醇的低温冻存保护剂会导致Cyanobacteria比新鲜采集时的样品,数量增加。“所有这些储存方法都存在偏差,因此研究过程中需要保证保存方法的一致性,”Ganz说,她的同事就建议她将猫粪便样品保存70%的乙醇中。
Anti-Phospho-SHIP2 (Tyr986/987) 磷酸化蛋白酪氨酸磷酸酶2抗体 规格: 0.1ml
Anti-Phospho-SHIP2 (Tyr580) 磷酸化蛋白酪氨酸磷酸酶2抗体 规格: 0.1ml
Anti-SIAH1 泛素连接酶Siah1抗体 规格: 0.2ml
Anti-SIAH2 泛素连接酶Siah2 规格: 0.2ml
Anti-SIP1 运动神经元存活蛋白结合蛋白1抗体 规格: 0.1ml
Anti-SIRT1 沉默调节蛋白1抗体 规格: 0.1ml
Anti-Phospho-SirT1 (Ser27) 磷酸化沉默调节蛋白1抗体 规格: 0.1ml
亮发光杆菌
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